Préparez-vous à embarquer pour une nouvelle aventure maritime en compagnie de Mario et Luigi ! Alors qu’ils se promenaient dans le Royaume Champignon, nos deux frères se sont retrouvés, bien malgré eux, aspirés et transportés sur une grande île cerclée par un vaste océan à perte de vue. Après discussions avec les habitants, il apparaît que cette île est en réalité un immense navire animé qui vogue aux quatre coins des mers avec un but précis… mais lequel ?